De 1942 à 1944 des cours de théologie, ouverts aux étudiantes comme aux étudiants, avaient été donnés à Bruxelles à l’initiative des pasteurs Émile Hoyois, Matthieu Schyns et William Thomas.

L’actuelle Faculté fut fondée en 1950, dans la ligne de l’Académie réformée de Gand (1578-1584), par l’Union des Églises Protestantes Évangéliques de Belgique (devenue peu après l’Église Évangélique Protestante de Belgique) et la Conférence belge de l’Église méthodiste. En 1955 s’y joignit l’Église chrétienne missionnaire belge (devenue Église Réformée de Belgique).

D’abord installée au home Becker à la chaussée de Vleurgat, la Faculté se transporta par la suite dans une vieille maison de maître, plus spacieuse, qu’elle louait au boulevard de la Cambre. En 1965, la Faculté s’établit dans son propre bâtiment, rue des Bollandistes.

En 1963, la Faculté a été reconnue par arrêté royal (en vertu de la Loi du 11-09-1933 sur la protection des titres d’enseignement supérieur) comme institution d’enseignement supérieur universitaire, habilitée à octroyer les titres de licencié, puis de master en théologie (voir Arrêté du Gouvernement de la Communauté française du 13-07-2026) et de docteur en théologie.